寄生蟲如球蟲 、絛蟲 、蛔蟲等都會造成腸道黏膜上皮的損傷 ，從而導致營養物質未經消化就隨糞便排出 ，引起消化不良 。
細菌性腸炎本病有的和小腸球蟲病混合感染 ，但易被後者所掩蓋 ；有的單獨發病 ，如梭菌 、綠膿杆菌 、大腸杆菌等都會引起上皮細胞損壞甚至脫落，使小腸絨毛消化吸收能力下降 ，從而引起消化不良 。
病毒感染許多病毒感染都會導致肉雞發生消化不良 ，如呼腸弧病毒 、腺病毒 、輪狀病毒等 。
總之 ，肉雞飼料消化不良是個複雜的過程 ，必須仔細觀察 ，臨床上是多種病因造成的 ，並不是簡單的飼料 、藥物問題 。
防治加強細節管理 ，搞好環境衛生 ，加強消毒 。
提高肉雞抗應激能力 ，使用優質飼料 ，遵守料號更替規定 。
做好防暑工作 ，減少強應激 ，定期更換墊料 。
增加肉雞的運動量 ，提高機體防病能力 ，適時補充維生素 。
治療治療時要注意分析消化不良的原因對症下藥 。
若是消化不良引起，可用些酵母粉 、碳酸氫鈉等 ；若因飼料高脂高蛋白引起 ，可用米糠適量加健胃散調理 ，效果較好 。
如果是病毒或細菌感染引起的腸炎 ，投服抗菌消炎或病毒藥物 ，輔以健胃消食藥 ，如病毒藥可選用黃芪多糖 、靈芝多糖 、花粉多糖 、利巴韋林等 ，抗菌藥如阿莫西林 、乙酰甲奎 、替硝唑等 。
如果是寄生蟲 ，則須分析是哪一種 ，確診後藥物劑量要準確 ，同時輔以抗菌消炎藥 、止血鎮痛藥 ，病情穩定後 ，還要加入活性菌 ，調理好腸道的菌群 ，促進機體早日康複 。