合理用藥需要遵循以下五個原則
第一 ，正確診斷 。
正確診斷是合理用藥的前提 ，沒有正確診
斷 ，無從談合理用藥 。
第二 ，安全用藥 。
用藥之前就應該預期家禽用藥後會帶來的不良反應 ，如使用氨基糖苷類藥物可能會造成腎髒損傷 ；使用酰胺醇類會抑製機體免疫功能 ；給幼雛使用喹諾酮類抗菌藥會引起癱瘓等 。
第三 ，高效用藥 。
治療一種疾病會有多種治療方案 ，如可以采用化藥進行治療 、也可采用中藥治療或采用生物製劑進行治療 ，也可以聯合治療 。采用不同的方案治療同一種疾病 ，可能治療時間和治療效果存在很大差別 。不同的疾病由於病因和特點不同 ，適合選擇不同的治療藥物和治療方案 ，如細菌病使用抗菌藥可能立竿見影 ，一些病毒病選用中藥可能效如桴鼓 ，腺病毒感染選擇卵黃抗體可能更為直接 。這與技術人員的疾病診斷和用藥水平有直接關係 。
第四 ，治未病用藥 。
治未病用藥是指在未發病時用藥 。當疾病發生再治療 ，則治療成本高 、治愈率低 、損失大 。在我國家禽養殖業中由於以下因素 ，治未病用藥很有必要。首先家禽養殖中的應激反應很難避免 ，如密集飼養 、轉群 、換料 、氣候變化等 ，這些因素會引起免疫抑製 ；飼料黴變較難克服 ，造成肝腎損傷 ；抗菌藥物濫用嚴重 ，消化道菌群失衡 ；機體存在隱性感染 ，有潛在致病性 ；正常食物鏈受到阻隔 ，如雞采食砂粒和昆蟲 ，鴨在水中采食水藻 ，而規模化飼養則打破了家禽的正常生活習性 ，缺乏必要補充 ，帶來健康問題 ；相反 ，為了追求經濟效益 ，給家禽飼喂大量的脂肪 、蛋白質 ，出現營養過剩機能受損 ，發生腎髒 、肝髒和心血管等疾病 。所以 ，對家禽進行提高免疫功能 、保護肝腎和減輕消化道損傷等治未病用藥可起到防病目的 。
第五 ，低成本用藥 。
低成本用藥直接關係到養殖戶獲取的利潤 ，要求診斷正確 ，選用價格低廉 ，但效果突出的藥物進行治療 。但在實際生產中 ，過度治療問題普遍存在 ，如不明病因將抗病毒藥 、抗菌藥和解熱鎮痛抗炎藥等同時使用 ，增加了養殖成本，影響養殖戶效益 。